В последние годы в Российской Федерации в Программу государственных гарантий бесплатного оказания гражданам медицинской помощи был включен расширенный неонатальный скрининг, в том числе на заболевания, относящиеся к редким. При этом важно понимать экономическое влияние данной инициативы на бюджет государства. С одной стороны, своевременное выявление заболеваний позволяет достичь лучшего контроля в их лечении. С другой стороны, это потребует бóльших ресурсов здравоохранения и, как следствие, дополнительных бюджетных расходов. Целью исследования стало разработать алгоритм расчета экономического влияния введения неонатального скрининга при редких заболеваниях. Были проанализированы нормативно-правовые документы, регулирующие оказание медицинской помощи, а также проведение неонатального скрининга при редких заболеваниях. В качестве примера для разработки алгоритма было использовано исследование по оценке социально-экономической эффективности проведения неонатального скрининга на спинальную мышечную атрофию в Российской Федерации, а также примеры отечественных фармакоэкономических исследований. В результате выделены основные виды затрат, которые требуется оценить при экономическом анализе последствий введения скрининга. Представлены подходы к их учету на основании имеющихся нормативно-правовых документов.